El sorteo se realizó con los doce campeones de grupo y los cuatro mejores terceros procedentes de la fase de grupos de la Champions League reunidos en el primer bombo mientras que en el segundo estuvieron los doce segundos de cada grupo junto a los cuatro peores terceros procedentes de la Liga de Campeones. Los equipos del mismo país o que hubieran coincidido en la fase de grupos no podían enfrentarse entre sí.
Los dieciseisavos de final de la Europa League, que se disputarán el 16 y el 23 de febrero, han deparado los siguientes enfrentamientos:
- Lokomotiv (RUS)-Athletic Club (ESP)
- Stoke City (ING)-Valencia (ESP)
- Lazio (ITA)-Atlético de Madrid (ESP)
- Ajax (HOL)-Manchester United (ING)
- Salzburgo (AUS)-Metalist (UCR)
- Rubin Kazan (RUS)-Olympiacós (GRE)
- AZ Alkmaar (HOL)-Anderlecht (BEL)
- Steaua de Bucarest (RUM)-Twente (HOL)
- Viktoria Pilsen (CHE)-Schalke (ALE)
- Wisla Cracovia (POL)-Standard de Lieja (BEL)
- Braga (POR)-Besiktas (TUR)
- Udinese (ITA)-PAOK de Salónica (GRE)
- Trabzonspor (TUR)-PSV (HOL)
- Hannover (ALE)-Brujas (BEL)
- Legia de Varsovia (POL)-Sporting de Lisboa (POR)
- Oporto (POR)-Manchester City (ING)